[재정경제부]「관세법 시행규칙」 일부개정령(안) 입법예고

1. 개정이유 및 주요내용

희귀난치성 질환 치료용 의약품 및 해외자원개발을 통해 확보한 해외자원에 대해 관세를 면제할 수 있도록 「관세법」이 개정(법률 제21208호, 2026. 4. 1. 시행 예정)됨에 따라 관세 감면 대상 물품을 구체적으로 규정하고, 천재지변이나 여객기·여객선의 결항 등 불가피한 사유로 반출되지 않은 보세판매장 판매 물품을 여행자 휴대품 관세 감면 대상으로 추가하는 한편,  품목분류 사전심사 제도의 효율적인 운영을 위하여 반려 사유를 현실에 맞게 보완하여 명확히 규정하는 등 현행 제도의 운영상 나타난 일부 미비점을 개선ㆍ보완하려는 것임.

2. 의견제출

이 개정안에 대해 의견이 있는 기관·단체 또는 개인은 2026년 3월 16일까지 국민참여입법센터(http://opinion.lawmaking.go.kr)를 통하여 온라인으로 의견을 제출하시거나, 다음 사항을 기재한 의견서를 재정경제부(아래 참조)로 제출하여 주시기 바랍니다.

가. 예고 사항에 대한 찬성 또는 반대 의견(반대 시 이유 명시)

나. 성명(기관·단체의 경우 기관·단체명과 대표자명), 주소 및 전화번호

다. 그 밖의 참고 사항 등

※ 제출의견 보내실 곳

 - 일반우편 : (30112) 세종특별자치시 도움6로 42 정부세종청사 재정경제부 관세제도과

 - 전자우편 : jadelake@korea.kr

 - 팩스 : 044-215-8075

3. 그 밖의 사항 

개정안에 대한 자세한 사항은 재정경제부 관세제도과(전화 044-215-4413, 팩스 044-215-8075)로 문의하여 주시기 바랍니다.

붙임 1. 관세법 시행규칙 일부개정령안

[재정경제부]「수출용 원재료에 대한 관세 등 환급에 관한 특례법 시행규칙」 일부개정령(안) 입법예고

1. 개정이유 및 주요내용

 관세등을 환급받은 자가 환급받은 날부터 3개월 이내에 과다환급금등을 자진신고하고 납부할 때 더하는 가산금의 이율을 조정하는 등 현행 제도의 운영과정에서 나타난 일부 미비점을 개선·보완하려는 것임.

2. 의견제출

이 개정안에 대해 의견이 있는 기관·단체 또는 개인은 2026년 3월 16일까지 국민참여입법센터(http://opinion.lawmaking.go.kr)를 통하여 온라인으로 의견을 제출하시거나, 다음 사항을 기재한 의견서를 재정경제부(아래 참조)로 제출하여 주시기 바랍니다.

가. 예고 사항에 대한 찬성 또는 반대 의견(반대 시 이유 명시)

나. 성명(기관·단체의 경우 기관·단체명과 대표자명), 주소 및 전화번호

다. 그 밖의 참고 사항 등

※ 제출의견 보내실 곳

   - 일반우편 : (30112) 세종특별자치시 도움6로 42 정부세종청사 재정경제부 관세제도과

   - 전자우편 : umse@korea.kr

   - 팩스 : 044-215-8075

3. 그 밖의 사항

개정안에 대한 자세한 사항은 재정경제부 관세제도과(전화 044-215-4412, 팩스 044-215-8075)로 문의하여 주시기 바랍니다

붙임 2. 관세환급특례법 시행규칙 일부개정령안

[재정경제부]「자유무역협정의 이행을 위한 관세법의 특례에 관한 법률 시행규칙」 일부개정령(안) 입법예고

1. 개정이유 및 주요내용

 「대한민국 정부와 호주 정부 간의 자유무역협정」에 따라 호주가 원산지인 물품에 대해 원산지증명서를 발급할 수 있는 기관을 추가하고, 품목별 원산지인증수출자의 법규준수 유도를 위해 인증유효기간을 달리 정할 수 있는 대상을 정비하며, 원산지 등 사전심사 수수료 납부대상을 합리화하고, 납세자의 수출입통관 편의를 증진하기 위해 「대한민국과 동남아시아국가연합 회원국 정부 간의 포괄적 경제협력에 관한 기본협정하의 상품무역에 관한 협정」 부속서 3의 부록 2 및 「대한민국 정부와 베트남사회주의공화국 정부 간의 자유무역협정」 부속서 3-가에 따른 품목별 원산지 결정기준의 품목번호를 현행화하는 등 현행 제도의 운영상 나타난 일부 미비점을 개선ㆍ보완하려는 것임.

2. 의견제출

이 개정안에 대해 의견이 있는 기관․단체 또는 개인은 2026년 3월 16일까지 국민참여입법센터(http://opinion.lawmaking.go.kr)를 통하여 온라인으로 의견을 제출하시거나, 다음 사항을 기재한 의견서를 재정경제부장관에게 제출하여 주시기 바랍니다.

가. 예고 사항에 대한 찬성 또는 반대 의견(반대 시 이유 명시)

나. 성명(기관ㆍ단체의 경우 기관ㆍ단체명과 대표자명), 주소 및 전화번호

다. 그 밖의 참고 사항 등

※ 제출의견 보내실 곳

   - 일반우편 : (30112) 세종시 도움6로 42 정부세종청사 중앙동 613호 (자유무역협정관세이행과)

   - 전자우편 : ftamosf@korea.kr 

   - 팩스 : 044 - 215 - 8079

3. 그 밖의 사항

  개정안에 대한 자세한 사항은 재정경제부 자유무역협정관세이행과(전화 (044) 215 - 4471, 팩스 044 - 215 - 8079)로 문의하여 주시기 바랍니다.

붙임 3. 자유무역협정의 이행을 위한 관세법의 특례에 관한 법률 시행규칙 일부개정령안

[관세청]「납세업무 처리에 관한 고시」입안계획서

1. 제명

「납세업무 처리에 관한 고시」(관세청 고시 제2026-9호, 2026.1.2.)

2. 개정 사유

가. 직제 개정 사항 반영

나. 보정통지에 대한 의견제출 및 검토 절차 신설

다. 전자서명에 의한 환급권 양도 방식 신설

라. 자료제출요구 불응 시 제재 조치를 상세히 안내

3. 주요 개정내용

가.「관세청과 그 소속기관 직제 시행규칙」 개정 사항 반영(21조, 24조)

ㅇ 사후세액 심사업무가 심사정책과에서 기업심사과로 이관

나. 보정통지에 대한 의견제출 및 검토절차 신설(35조, 별지5-1, 별지5-2)

ㅇ 세관의 보정(신청)통지 후 납세의무자가 보정신청 기한 연장 필요시 의견을 제출하는 절차 및 서식 신설(35조⑤항, 별지5-1호 신설)

ㅇ 납세의무자의 보정(신청) 의견에 대해 세관의 검토의견을 회신하는 절차 및 서식 신설 (35조⑤항, 별지5-2호 신설)

ㅇ 세관의 보정(신청)통지 후 납세의무자가 보정신청하지 않거나, 의견서를 제출하지 않는 경우 부가가치세 수정수입세금계산서가 미발급됨을 명시

※ ① 현행 고시 35조②항에 따라 보정통지후 10일 이내(필요시 10일 연장)에 보정신청하도록 규정되었으나, 연장 의사를 표명할 절차나 서식이 없었음

 → 수정수입세금계산서운영지침(’26.1.1 제정) 서식・절차를 고시에 반영

     ② 부가가치세법 시행령 72조④항3호에 따라 보정신청 통지 후 정당한 사유없이 보정신청 또는 수정신고하지 않으면 수정수입세금계산서가 미발급 대상임을 고시에 반영

다. 전자서명에 의한 환급권 양도 방식 신설(62조)

ㅇ 납세의무자가 제3자에게 환급청구권을 양도할 때 양도신청서에 양도인의 서명․날인 외에 전자서명 방식도 인정(62조⑦항)

※ 해외직구 반품수출 환급에 있어, 납세자(양도인)가 온라인플랫폼(양수인) 등에 전자서명으로 환급권 양도한 경우, 날인・수기서명 외에 추가 인정

라. 개정된 고시명 반영(87조)

ㅇ「수출통관 사무처리에 관한 고시」와 「반송절차에 관한 고시」를「수출 및 반송통관에 관한 고시」로 통ㆍ폐합(’25.2.28) 반영

마. 자료제출요구 불응시 제제조치 상세히 안내(별지3호)

ㅇ 세관의 자료제출요구에 미제출하거나 불성실하게 제출하는 경우, 불성실신고인 지정, 관세조사 외에 과태료 부과, 월별납부취소, 담보제공, 수정수입세금계산서 미발급 등 조치될 수 있음을 상세히 안내

※ 과세자료 미제출 등에 관한 납세편의 제외 실무 가이드라인(’25.7.1)에서 신설한 서식을 고시에 반영

4. 제정․개정 조문별 법령 위임 근거 

5. 입안내용이 반영된 전문 및 신구조문대비표 : “붙임”

6. 시행 일자 : 2026. 0. 0.

7. 의견제출 방법

  ㅇ 제 출 처 : 관세청 심사정책과

  ㅇ 담 당 자 : 채정균사무관(042-481-7812), 서은정주무관(042-481-7863)

  ㅇ 제출기한 : 2026. 3. 25.

  ㅇ 제출방법 : (이메일) cuppy1@korea.kr, njcu@korea.kr   (팩스) 042-481-7869

붙임 4. 납세업무 처리에 관한 고시_일부개정_전문

붙임 5.납세업무 처리에 관한 고시_일부개정_신구조문대비표

[관세청]「수출입물품 등에 대한 품목분류 변경고시」일부개정

[관세청고시 제2026-13호, 2026. 3. 4., 일부개정]

「수출입물품 등에 대한 품목분류 변경고시」의 별표 중 일부를 다음과 같이 개정한다.

[별표]

부칙 <관세청고시 제2026-13호, 2026. 3. 4.>

제1조(시행일) 이 고시는 2026년 3월 4일부터 시행한다.

제2조(변경된 품목분류의 적용일) 변경된 품목분류의 적용일은 별표 각 물품별 시행일에 따른다.

661. 2026-13호(’26.03.04.) Small red beans, frozen

662. 2026-13호(’26.03.04.) Emulator 등 2건

663. 2026-13호(’26.03.04.) Speaker

664. 2026-13호(’26.03.04.) Susceptor

665. 2026-13호(’26.03.04.) Diff Assy

666. 2026-13호(’26.03.04.) Nonwovens of man-made filaments

붙임 6. 관세청고시제2026-13호(「수출입물품 등에 대한 품목분류 변경고시」 일부개정)